（1）最佳肠道功能与粪便组成的调节。膳食纤维吸水膨胀，可增加内容物体积，促进肠道蠕动，加速粪便排出，同时可促进肠道有益菌的增殖。
（2）结肠菌群组成的调节。双歧杆菌和乳酸杆菌被认为是有利于促进健康的细菌。益生元是指不被消化的食物成分，其作用是通过选择性刺激结肠内的一种或有限的几种具有改善宿主健康潜力的细菌的生长和（或）活性，从而给宿主带来好处。
（3）对肠道相关淋巴组织功能的控制。人类的肠道为机体中最大的淋巴组织。结肠菌群是某些特殊免疫反应的主要抗原性刺激物。已表明益生菌增加某些免疫活性，如IgA抗体应答、产生细胞激素及降低轮状病毒感染的危险性。
（4）对发酵产物的控制。以丁酸、乙酸和丙酸等短链脂肪酸形式存在的发酵产物对结肠健康的重要性已受到越来越多的关注。丁酸是最有意义的短链脂肪酸，丁酸除了对黏膜有营养作用外，还是结肠上皮的重要能量来源。
