（1）城市公共产品供给不足。城市公共产品不仅包括有形的物质产品，如公路、桥梁、航标灯等，还包括无形的非物质服务，如法律、政策、消防等；不仅包括以政府为主要供给主体的城市基础设施建设，如地铁、下水道等公用设施，还包括其他主体也能够提供的公共产品，如城市文化氛围的塑造、城市清洁环境的维护等，从这个角度来看，城市里每一个住民都可能成为城市公共产品和服务的供给者。然而，城市某些公共产品的供给面临着典型的囚徒困境问题。例如一项需要住民出资的公共事业，倘若住民愿意共同出资，所有人的福利都会增加。然而，每个人都会以囚徒博弈的方式思考：若某个住民不出资而由他人出资，则该住民可以免费享受他人提供的公共产品；反过来，若该住民出资而他人不出资，该住民可能会得不偿失，因此，该住民理性的最优选择是不出资，当所有人都形成同质性思考方式时，囚徒困境便出现了。这种搭便车式的囚徒博弈纳什均衡使得公共产品供给出现短缺、公共福利无法提高。
（2）城市公共组织效率缺失。以传统科层体制为主建立起来的城市管理体系，管理的纵向层级设置过多，横向部门权责不明，其中横向部门之间的管理往往会出现囚徒博弈的困境。由于权力分野不明，各部门之间缺乏科学的协调与交流手段，合作意识不强，部门竞争激烈，管理实务在有利可图时集体争夺、一拥而上，在责任承担时集体缺位、相互推诿。城市公共管理体系效率和价值消失殆尽。
（3）城市、区域之间竞争恶化。城市间、区域间的竞争突出表现在对资源、资金、人才等要素的竞争上。出于对自身利益考虑，各城市发展城市经济时，往往只考虑可以使自己城市获得利益的方案，而忽视了对周围其他城市的影响。中国的许多城市都发展相似的产业，甚至某些相邻城市之间产业定位完全一致。为吸引某些产业或厂商，各城市进行招商引资时，在税收政策、土地租金政策、人才政策等方面展开激烈竞争，最后的结果是单个厂商受益，而各个城市自身利益受损。城市之间沟通交流少，难以搭建信任平台，合作意识不强，囚徒博弈的恶性竞争下自身利益受损的同时，也导致区域发展潜力有限、秩序混乱等问题。
