第八十三回到一百回的最后十八回为第三阶段，写起义军的瓦解覆灭。人们对《水浒传》思想内容的分歧主要集中于这一部分。总体看来，作者对农民起义英雄是肯定的、同情的，甚至是拥护的；对昏君奸臣是不满的、甚至是痛恨的。但作者有一个底线，就是起义军不能推翻封建统治和封建皇权。说白了，作者是赞同起义军接受招安的；但对起义军最后被利用、被消灭又深感遗憾。换言之，作者既不能容忍封建政权被农民军所取代，又不愿看到起义军被利用、被消灭的下场。作者客观上写出了封建统治者的昏庸、腐朽、虚伪，写出了农民军的淳朴信义、光明正大。他不愿意朝廷与起义军连年攻杀，但又清醒地认识到起义军投降也不是出路。作者思想上陷入矛盾和两难境地，所以他安排了公孙胜归山、鲁智深坐化、燕青辞主、李俊诈疯等情节。
燕青辞别卢俊义时说：“小乙此去，正有结果，只恐主人此去，无结果耳。”作者找不到任何解决矛盾的办法，也不可能给起义军指出一条超越他们自身本性和特征的出路，作品只得在“千古蓼洼埋玉地，落花啼鸟总关情”的哀怨声中落下帷幕，表现出鲜明而又深刻的现实主义创作态度。招安以后的描写，读来沉闷凄凉，艺术上也不太成功，但其思想内容却相当深刻。他不仅符合历史上宋江起义的真实结局，而且也反映了封建社会农民起义的一般规律。招安以后的描写实际上寄托了作者深沉的感慨和对历史的深刻思索。他指出了统治者与被统治者、忠与奸矛盾的不可调和性，揭示了农民起义的一般归宿，指出了农民阶级的局限性。
